明英宗被于謙集團(tuán)拒絕回京的消息傳來，京城大亂。也先送英宗回京，大兵逼近北京城，勢不可擋，明朝廷惶惶不安，有大臣提出南遷都城。兵部侍郎于謙極力反對(duì)遷都，要求堅(jiān)守京師，并詔令各地武裝力量至京勤王。隨后，調(diào)河南、山東等地軍隊(duì)進(jìn)京防衛(wèi)，于謙主持調(diào)通州倉庫的糧食入京，京師兵精糧足，人心稍安。正統(tǒng)十四年（1449年）8月23日，都御使陳益上奏：誅殺王振全族。郕王朱祁鈺不知道該怎么辦，百官發(fā)怒，毆打王振的心腹馬順，打死黨羽毛、王二人和王振的侄子王山（錦衣衛(wèi)指揮使）。
于謙集團(tuán)為應(yīng)急，聯(lián)合奏請皇太后立郕王為皇帝?；侍笸獗娮h，但郕王卻推辭不就。文武大臣再三請求，郕王無奈應(yīng)允，于九月初六登基，是為景帝，以第二年為景泰元年，奉英宗為太上皇。也先送太上皇回京，令明朝各邊關(guān)開啟城門。正統(tǒng)十四年（1449年）九月初六，瓦剌進(jìn)攻宣府、大同，宣府守將楊洪不聽。正統(tǒng)十四年（1449年）十月初六，攻陷白羊口、紫荊關(guān)、居庸關(guān)，直逼北京。京城告急，北京保衛(wèi)戰(zhàn)開始。明景帝讓于謙全權(quán)負(fù)責(zé)守戰(zhàn)之事。
石亨從招募士兵的小武官晉升為右都督，掌管五軍大營；推薦東莞的河伯所閘官羅通為兵部員外郎，守居庸關(guān)，四川按察使曹泰為山東都指揮使，韓青守紫荊關(guān)，任大同副總兵；郭登為總兵，守大同。
1449年十月初一，也先、脫脫不花掠過大同，奪下紫荊關(guān)兵分兩路：一路由古北口、密云進(jìn)入明朝腹地，20000人左右，另一路從宣府、洪州進(jìn)攻，30000人左右。兩路軍最終的會(huì)合地點(diǎn)是居庸關(guān)以西的白羊口，妄圖直抵京師。如此，則京師危急。此時(shí)，于謙的先遣4將（羅通、曹泰、韓青、郭登）都沒有守住各自的收地，瓦剌軍長驅(qū)直入。
于謙親自領(lǐng)兵22萬，列陣于九門外，親自披甲執(zhí)銳，于是，京師各地士氣大振。侍郎吳寧代理兵部的事物。于謙親自列陣于德勝門外。十月初二，副總兵高禮、毛福壽迎敵于章儀門的土城之北，敗瓦剌先鋒官，首戰(zhàn)告捷，軍心大振。派右通政王復(fù)到土城拜謁英宗。
正統(tǒng)十四年（1449年）十月十三日，也先進(jìn)攻德勝門。石亨，范廣等將領(lǐng)在民間的土房內(nèi)埋伏，二人大敗敵軍。也先的弟弟孛羅、平章卯那孩戰(zhàn)死。也先轉(zhuǎn)而攻打西直門，又大敗十四日，戰(zhàn)于章儀門，居民投石相助，再次大勝！此時(shí)，圍攻居庸關(guān)的瓦剌軍與守軍大戰(zhàn)七天七夜，還是大敗！
深入中原王朝的腹地，各地勤王的軍隊(duì)也已經(jīng)快到達(dá)京城，于是，也先在十五日夜，拔營而走，明軍以炮火追擊，殺敵萬人，也先向回良鄉(xiāng)逃去。十七日出紫荊關(guān)，明軍直追，敗敵于固安、霸州，擒阿歸等18人。此時(shí)，京師保衛(wèi)戰(zhàn)基本結(jié)束。明朝在先損失200000人的情況下依然率領(lǐng)二線部隊(duì)扭轉(zhuǎn)戰(zhàn)局，是非常難能可貴的。
土木之變致使明英宗被王振集團(tuán)出賣；四朝老臣張輔、駙馬井源、兵部尚書鄺埜、戶部尚書王佐、侍郎丁銘、王永和以及內(nèi)閣成員曹鼎、張益等五十余人全部被殺，無數(shù)文官武將戰(zhàn)死；財(cái)產(chǎn)損失不計(jì)其數(shù)；明成祖朱棣留下的五十萬大軍全軍覆沒，最為精銳的三大營部隊(duì)亦隨之毀于一旦，軍火武器研發(fā)亦被大大阻礙；京城的門戶亦已洞開；明英宗復(fù)位后更是殺了以于謙為首等眾多權(quán)臣，導(dǎo)致明朝軍政在土木之變之后第二次斷層。
隨著開國武人勛貴集團(tuán)和靖難功臣集團(tuán)在土木堡之變被消滅殆盡，皇帝只能通過內(nèi)廷的宦官來制衡文官集團(tuán)以貫徹自己的意志和整個(gè)國家的意志，文武大臣和君主離心離德，國勢日蹙。
明英宗南歸后，以及皇儲(chǔ)問題，景泰、天順年間，明朝皇權(quán)斗爭愈發(fā)激烈，朝臣為了保護(hù)自身利益，左右搖擺、嫁禍誣陷，斗爭也更加殘酷。
此期間的內(nèi)閣也并未發(fā)揮出它的作用。正統(tǒng)前期政歸內(nèi)閣，三楊為軸，制度也漸趨完善，但無法阻止自身實(shí)際作用的逐漸下降。土木事變發(fā)生前后，內(nèi)閣作為與皇帝最為親密的輔政機(jī)構(gòu)，未能發(fā)揮出其應(yīng)有的作用，既未阻止先期的王振擅權(quán)，在后期的北京保衛(wèi)戰(zhàn)和景泰、天順的風(fēng)云交替中也毫無建樹，表現(xiàn)十分羸弱，于軍國大事退避三舍。這段時(shí)期，內(nèi)閣只能尷尬地任由宦官專政，或被皇帝輕視而任用于謙，傾心委政，以至朝臣不滿，上書稱于謙太過專權(quán)，請求六部大事須與內(nèi)閣一同奏報(bào)施行，或是任由石亨、曹吉祥等奸佞決定擺布。
土木之變是明軍不戰(zhàn)自潰。北京圍城不下，則蒙古內(nèi)部矛盾也起了重要作用。不久，蒙古各部終于兵戎相見，脫脫不花汗敗亡。也先稱汗，但他無法解決造成封建割據(jù)的經(jīng)濟(jì)的和政治的矛盾，而為人又心胸狹窄，荒于酒色，終于兵敗被殺。也有大批的蒙古人不愿在漠北過堅(jiān)苦日子，借此機(jī)會(huì)轉(zhuǎn)而投靠明朝，定居北京及北直隸各地。
1449年的土木之變，是明朝中央軍隊(duì)第一次發(fā)生的一場失敗戰(zhàn)役。除了軍事指揮錯(cuò)誤的直接原因外，與長期以來明朝北方邊防被破壞有密切關(guān)系，是北方邊防廢弛的必然結(jié)果。 而朝中的士大夫?yàn)榉乐姑魍醭氐副彼螠缤龈厕H起到了重要的作用。
當(dāng)時(shí)大臣李賢：“自古胡人得中國之利未有盛于此舉者，胡人亦自謂出于望外，況乘輿為其所獲，其偶然哉？”
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