明末清初的新疆以天山為界，分為南疆北疆。北疆的統(tǒng)治者是準噶爾汗國，而南疆的統(tǒng)治者是葉爾羌汗國。
葉爾羌汗國信仰伊斯蘭教，但是因為對教義和其他方面的理解不同，逐漸分為兩派，稱為“白山派”和“黑山派”，這兩派領(lǐng)袖都稱自己是“圣裔”即是先知穆罕默德的后人，因此他們被稱作“和卓”。
白山派和黑山派互不相容，互相斗爭，最后白山派落敗。不過白山派不甘心失敗，既然自己打不過我就找外援，于是他們找到了北疆的準噶爾汗國，許以好處希望噶爾丹出兵相助。
此時的噶爾丹憑借強大的實力野心膨脹，正在想轍怎么吞并南疆，沒想到白山派主動找上門來。對這樣的請求噶爾丹求之不得，馬上出兵，很快就滅亡了葉爾羌，但是白山派引狼入室也沒得好報，噶爾丹馬上將白山派和黑山派的和卓們?nèi)缄P(guān)了起來，從而自己控制了天山南北。
從此這些出身高貴的和卓們都過上了暗無天日的囚禁生活，一直到清軍的到來，他們才被釋放出來重見天日。
這個時候那些年老的和卓已經(jīng)死了，和卓的位置傳給了波羅尼都和霍集占兩兄弟，按照年齡大小，波羅尼都被稱為“大和卓”，而霍集占被稱為“小和卓”，清軍將他們放了出來并且讓他們回到了南疆繼續(xù)他們祖輩之前的工作。
按理說他們被關(guān)了幾十年年，過著慘無人道的日子，結(jié)果乾隆救了他們，還恢復(fù)他們的工作地位，提高他們的生活待遇，他們應(yīng)該對乾隆對清朝感恩戴德，今后要踏踏實實工作才是。
可是乾隆這次遇到了白眼狼，霍集占兄弟對清朝沒有感恩之心，他們認為自己能夠獲救是上天的恩賜，并且他們試圖恢復(fù)舊日的葉爾羌汗國，因此一被放出馬上就圖謀背叛清朝自立。其實在剛剛平定準噶爾的時候，霍集占就已經(jīng)暴露了謀反的跡象，但是從乾隆到平叛大軍都沒有放在心上，如果此時果斷處置就能免除一場禍亂。
恰巧這個時候，準噶爾的阿睦爾撒納圖謀獨霸準噶爾而舉兵反叛，清朝頓時喪失對天山南北額管控。霍集占認為清朝兵力有限主力都在北疆，無心顧及南疆，因此聯(lián)合哥哥舉兵叛亂?；艏細⑺礼v守庫車城的清軍守將阿敏道，公開舉兵反叛。
大小和卓所在的回部叛亂大出乾隆所料，他沒想到自己救出的居然是白眼狼，是忘恩負義之徒，他的感到了自己被愚弄，至高無上的皇帝尊嚴被褻瀆，此刻的他恨不得把霍集占兄弟親手殺死。可是現(xiàn)在他確實分身無術(shù)，阿睦爾撒納肆虐北疆，他把全部精力都拖入到了捉拿阿睦爾撒納中，實在無法分兵前往平定霍集占兄弟，于是只能放任霍集占在南疆胡作非為，不過乾隆也不能不管，他下達了命令命兆惠等人抓緊抓拿阿睦爾撒納，定于轉(zhuǎn)過年來進軍南疆。
乾隆二十三年在確認阿睦爾撒納死在俄羅斯并且得到了其尸后。騰出手來的乾隆皇帝終于可以派人處理大小和卓兄弟了，于是他下諭征討大小和卓。
清朝大軍集結(jié)奔向南疆，霍集占準備充足，再加上清軍勞師遠征指揮無方，只是先頭部隊大敗，乾隆帝聞訊大怒，隨即將一直在北疆作戰(zhàn)的兆惠派往南疆指揮作戰(zhàn)。
在兆惠的指揮下，霍集占多次戰(zhàn)敗，只能多次出逃逃到葉爾羌城，并與波羅尼都匯合，兵打一家。
兆惠兵少，和霍集占兄弟進入僵持階段，經(jīng)過多方較量，清兵被圍困，就在這個時候，乾隆派了富德統(tǒng)兵前來增援
得到增援的清兵經(jīng)過和和卓兄弟的激戰(zhàn)，和卓兄弟大敗而逃，并且因為眾叛親離和清軍占據(jù)上風(fēng)，霍集占兄弟甚至聯(lián)絡(luò)浩罕國企圖借助外援，不過浩罕國并沒有回信。
浩罕國沒有回復(fù)，清軍卻一再進攻，霍集占兄弟一見只得帶著家人等部族向西逃竄，清軍則沒有放松繼續(xù)追擊，最后逃竄到了巴達克山。
巴達克山汗早就得到了清朝的統(tǒng)治，在霍集占等人逃竄而來的時候?qū)⒍俗カ@。
巴達克山汗懼怕清朝，欲將大小和卓兄弟送回來，但是當(dāng)?shù)刈诮虅萘艽?，他們以霍集占兄弟是圣裔為由阻止巴達克山汗交人，一時間清朝和巴達克山因為霍集占兄弟歸屬展開了拉鋸戰(zhàn)。
最后乾隆對富德下達諭旨“倘二賊被獲情事不實，……即將拔達克山部落一并辦理，亦無不可?！奔慈绻瓦_克山不交出大小和卓，就把巴達克山當(dāng)做霍集占的同伙一塊滅了，這就等于對巴達克山下了最后通牒。最后沒有辦法殺了大小和卓兄弟，但是只交出了霍集占的尸體，至于波羅尼都卻沒有看見。巴達克山表示波羅尼都的尸體是真的找不到了。雖然沒有尸體但是清朝經(jīng)過調(diào)查確認波羅尼度確實被殺了，后來查出波羅尼都的尸體是被他的仆人盜走掩埋了。
大小和卓兄弟死了，這場波及南疆的叛亂結(jié)束了，乾隆十分高興，他下令獎賞平叛有功之人，同時為了慶祝天山南麓重歸中國版圖，乾隆特意按照西域“故土新歸”之意取名“新疆”（這個時候新疆不是行政名稱，而是一個稱呼，后來左宗棠從阿古柏手中收復(fù)新疆，建立行省，特意取名新疆，表示故土新歸，從此成為固定行政名稱）。并且為了穩(wěn)固新疆，清朝設(shè)立伊犁將軍統(tǒng)轄新疆各部，設(shè)總理回疆事務(wù)參贊大臣專門管理回部，至此新疆地區(qū)進入平穩(wěn)發(fā)展時期，平定大小和卓叛亂從此成為乾隆一大戰(zhàn)功。
不過由于搜查不徹底和官員松懈，大和卓波羅尼都部分子孫躲藏在境外，后來多次借助外國勢力在新疆為非作歹，比較大的由道光時代的張格爾叛亂等等，不過總體來說像大小和卓這樣大的叛亂則再也沒有發(fā)生過。
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