康熙皇帝急于和俄國(guó)簽訂和約，的確是為了騰出手來(lái)對(duì)付蒙古族準(zhǔn)噶爾部落頭目噶爾丹發(fā)動(dòng)的叛亂。
早在元朝滅亡以后，成吉思汗的子孫退回塞外，駐扎在大沙漠南北，逐漸形邁出漠北蒙古、漠南蒙古、漠西蒙古三大部。這些蒙古部族之間相互攻打，還經(jīng)常南下騷擾內(nèi)陸。后來(lái)，努爾哈赤和皇太極用征伐、聯(lián)姻和結(jié)盟的辦法，把漠南蒙古征服了。清朝設(shè)立了蒙古衙門（后改為理藩院）管理蒙古各部，把漠南蒙古分為六盟，二十四部，四十九旗。這樣，漠南蒙古各部成了清朝當(dāng)權(quán)者最可靠的盟友。漠北蒙古又叫喀爾喀蒙古，繼漠南蒙古之后，也跟清朝建立了朝貢關(guān)系，每年向清朝進(jìn)獻(xiàn)一頭白駱駝，八匹白馬，稱為“九白之貢”。
清朝入關(guān)以后，只依靠幾十萬(wàn)滿族人，是維持不了對(duì)全中國(guó)的統(tǒng)治的。為了彌補(bǔ)力量不足，多爾袞、順治、康熙都把聯(lián)合蒙古各部做為一項(xiàng)重要的國(guó)策。
可是這時(shí)候，還有居住在阿爾泰山以西的漠西蒙古不肯合作。漠西蒙古又稱厄魯特蒙古，分為杜爾伯特、土爾扈特、和碩特、準(zhǔn)噶爾四部。其中準(zhǔn)噶爾部力量最強(qiáng)大，它兼并了和碩特部和杜爾伯特部，把土爾扈特部排擠到俄國(guó)伏爾加河流域一帶，又把和碩特部的人趕到了青海、西藏。
準(zhǔn)噶爾部控制了阿爾泰山周圍地區(qū)，又繼續(xù)向東進(jìn)兵，想占領(lǐng)漠北廣大地區(qū)?？柨Ω鞑繐醪蛔?zhǔn)噶爾騎兵，只好奔向漠南并請(qǐng)求康熙皇帝加以保護(hù)。康熙皇帝把科爾沁草原借給喀爾喀各部駐牧，救濟(jì)他們大量的牲畜、茶、布，又派人勸告準(zhǔn)噶爾頭目噶爾丹返回阿爾泰山地區(qū)，退還喀爾喀的故地。噶爾丹自認(rèn)為兵力強(qiáng)盛，不但不把康熙皇帝的命令放在眼里，還率領(lǐng)十萬(wàn)大兵深入到漠南蒙古烏珠穆沁草原，想和康熙皇帝較量一下。
康熙皇帝見噶爾丹這樣猖狂，已經(jīng)威脅到內(nèi)陸的安全了，就在康熙二十九年（公元一六九○年）秋高氣爽、草肥馬壯的時(shí)候下令征討。他親自率兵駐扎在長(zhǎng)城口外，任命他的哥哥裕親王為大將軍，在離北京只有七百里的烏蘭布通和準(zhǔn)噶爾兵決戰(zhàn)。
噶爾丹沒和清軍正式交過(guò)鋒，還不知深淺。他依山列成“駝城”，把一萬(wàn)頭駱駝捆住腳，讓它們臥在地上，又在駱駝背上搭起箱垛，蓋上濕氈，然后讓主力部隊(duì)隱藏在“駝城”之內(nèi)，從箱垛的空隙放槍射箭。清軍隔河隱晦陣，先用大炮轟擊“駝城”，打死了許多駱駝、騎兵，步兵隨后沖殺過(guò)來(lái)，大敗準(zhǔn)噶爾軍。噶爾丹知道打不過(guò)清軍，當(dāng)晚就把軍隊(duì)撤到高處，第二天一大早，派隨軍的西藏喇嘛到清營(yíng)求和。
清朝大將軍馬上派人向康熙皇帝報(bào)告戰(zhàn)況，又派使臣到噶爾丹營(yíng)內(nèi)，讓噶爾丹向“威靈佛”起誓，保證不再向內(nèi)陸進(jìn)犯。噶爾丹連忙當(dāng)著使臣的面跪在“威靈佛”前磕頭，樣子顯得很虔誠(chéng)。使臣看到這種情況，很放心地回去了。
康熙皇帝得到噶爾丹乞降的報(bào)告，擔(dān)心大將軍受他愚弄，當(dāng)即派人對(duì)大將軍說(shuō)：“噶爾丹為人狡猾，不可不防。”沒想到這個(gè)命令還沒有達(dá)到，噶爾丹已經(jīng)拔營(yíng)逃走了。
噶爾丹丟下輜重，率軍狂奔不止，沿途放火燒毀了草場(chǎng)，想斷絕清軍的糧路，士兵一路病死、餓死的不計(jì)其數(shù)，回到老家一清點(diǎn)，十萬(wàn)大軍只剩下幾千人了。
為了徹底孤立噶爾丹，第二年五月，康熙皇帝親自到了多倫（今蒙古人民共和國(guó)首都烏蘭巴托），召集蒙古各部王公開會(huì)，會(huì)前舉行了盛大的閱兵儀式。
閱兵那天一大早，八旗禁旅盔甲鮮明，戈矛鋒利，威武雄壯地在會(huì)場(chǎng)整齊列隊(duì)。不一會(huì)兒，號(hào)角齊鳴，康熙皇帝身穿金甲，騎著俊馬緩轡而來(lái)。只見他還不到四十歲，身板挺直，兩眼炯炯有神，鼻子略微呈鷹勾形，臉上有稀疏的麻子。一看，就可以知道他性格剛毅，精力過(guò)人。康熙皇帝接受了諸王、大臣、皇子和蒙古王公的朝拜，又率領(lǐng)眾人檢閱了蒙古各部騎兵。他一路用嫻熟的蒙古語(yǔ)同蒙古王公親切交談。更令人驚嘆不已的是檢閱完畢，在蒙古王公的懇請(qǐng)下，他當(dāng)眾連發(fā)十箭，九箭命中靶心。頓時(shí)，全場(chǎng)歡聲雷動(dòng)，眾人山呼萬(wàn)歲，隨后，康熙皇帝對(duì)協(xié)助追剿噶爾丹的蒙古王公進(jìn)行了嘉獎(jiǎng)，對(duì)暗中給噶爾丹通風(fēng)報(bào)信的人進(jìn)行了責(zé)罰。蒙古王公們見康熙皇帝不但弓馬嫻熟，而且賞罰嚴(yán)明，都對(duì)他心悅誠(chéng)服。
康熙皇帝依照皇太極對(duì)漠南蒙古的編制，把漠北蒙古編為三十七旗。因?yàn)槊晒鸥鞑亢V信喇嘛教，他下令在多倫建立匯宗寺。為了紀(jì)念這次盛大的盟會(huì)，他還親筆撰寫了匯宗寺碑文，命人樹立在匯宗寺內(nèi)。
噶爾丹雖然遭到失敗，但仍不死心。五年以后，他又率領(lǐng)三萬(wàn)騎兵侵入巴顏烏蘭，大肆掠奪。還揚(yáng)言借來(lái)了俄國(guó)鳥槍兵六萬(wàn)，要興兵深入內(nèi)陸。
康熙皇帝接到消息，決定第二次親征。他命東三省清軍為東路，陜甘地區(qū)清軍為西路，自己親率中路大軍從獨(dú)石口進(jìn)入大沙漠。在沙漠里行軍。糧草常常接濟(jì)不上，康熙皇帝和官兵一起吃干肉、喝馬奶，日夜兼程，走了七十多天，才探聽到噶爾丹屯住在克魯倫河的消息。有的大臣怕苦怕累，聽說(shuō)敵人還很遠(yuǎn)，就勸阻說(shuō)：“道路迂回，糧秣不繼，走了七十多天，還未見敵軍，皇上不如暫時(shí)回駕吧！”康熙皇帝聽了非常生氣，斬釘截鐵地說(shuō)：“朕已告祭了天地宗廟。現(xiàn)在這樣不見敵軍就回去，還有什么面目對(duì)天下百姓？”他當(dāng)即下令開拔，直奔克魯倫河。到了克魯倫河以后，康熙皇帝不等扎下營(yíng)寨，就命令從征皇子和諸將前來(lái)議事。他席地而坐，拿出親手繪制的陣勢(shì)圖，詳細(xì)部署了作戰(zhàn)方略。隨后，又派使臣渡河到噶爾丹大營(yíng)，約他明天決戰(zhàn)。
噶爾丹根本不相信康熙皇帝會(huì)親征到此，他放聲大笑說(shuō)：“哪能來(lái)得那么容易！”可是，等他登上克魯倫河邊的北孟納蘭山，見到河南岸清營(yíng)黃幄龍纛，十分鮮明，大兵屯集，漫無(wú)邊際。他嚇得六神無(wú)主，不由得自言自語(yǔ)起來(lái)：“哪能來(lái)得那么容易！哪能來(lái)得那么容易？”隨后跌跌撞撞地回到軍營(yíng)，悶頭不語(yǔ)。當(dāng)天晚上，他丟下營(yíng)帳輜重，率領(lǐng)部眾向西逃走了。
第二天一早，清軍前來(lái)決戰(zhàn)，只見噶爾丹的營(yíng)盤已空無(wú)一人?？滴趸实垴R上率領(lǐng)騎兵輕裝追趕，沿途到處都看得到噶爾丹部隊(duì)遺棄的財(cái)物、牲畜，還有行動(dòng)不便的老人、小孩。清軍整整追了三天，沒能趕上，只好停止追趕，康熙皇帝估計(jì)噶爾丹很快就要跟西路大軍遭遇，就派人通知西路軍火速阻擊敵人。 | 
