南宋嘉定十年（1217）九月，知平江府趙彥橚上奏行在，以昆山地廣難治，請求析分設立新縣。十二月初九日（1218年1月7日），獲寧宗皇帝御筆批準。遂析昆山縣東境春申、臨江、安亭、平樂、醋塘5個鄉(xiāng)在練祁市（今嘉定鎮(zhèn)）設立新縣。以紀年為名，稱嘉定縣。
新成立的嘉定縣境域在人煙稠密的蘇南平原尚稱廣袤，面積約1072平方公里。縣域南枕松浦（今吳淞江），北帶婁江（今瀏河），東抵大海，西至徐（公）浦。地處東海之濱，城當江流之會。當時境域之大，連東邊的寶山也囊括在內，甚至東部一直延展到今浦東高橋，縣境基本涵蓋了今天上海市整個吳淞江以地區(qū)。
設立之初，嘉定縣的春申鄉(xiāng)領6個都，臨江鄉(xiāng)領8個都，安亭鄉(xiāng)領6個都，平樂鄉(xiāng)領4個都，醋塘鄉(xiāng)領3個都，共5個鄉(xiāng)27個都。都領區(qū)（區(qū)分正副及中上下，每鄉(xiāng)共領5區(qū)），區(qū)領圖，圖領圩。
理宗淳祐年間（1241—1252年），春申鄉(xiāng)改名為守信鄉(xiāng)，臨江鄉(xiāng)改名為依仁鄉(xiāng)，安亭鄉(xiāng)改名為服禮鄉(xiāng)，平樂鄉(xiāng)改名為循義鄉(xiāng)，醋塘鄉(xiāng)改名為樂智鄉(xiāng)。
到了元代，成宗元貞二年（1269年），因嘉定縣人稠物穰，升格為嘉定州。
明朝建立后，太祖洪武二年（1396年），又依例改回為縣。
孝宗弘治十年（1497年），劃昆山縣之新安、惠安、湖川3鄉(xiāng)；常熟縣之雙鳳鄉(xiāng)；嘉定縣之樂智、循義2個鄉(xiāng)的3個都約94.5平方公里建立太倉州。嘉定縣尚余24個都668個圖。
清雍正二年（1724），析嘉定縣依仁、守信、循義、樂智4鄉(xiāng)的13個都的全部或部分419.48平方公里建立寶山縣，以吳淞口寶山城而得名。嘉定縣尚余15個都349個圖430.31平方公里。
明永樂十年（1412），平江伯陳瑄于吳淞口（今高橋鎮(zhèn)）筑土山，高30丈，置烽火備瞭望，為船只航標，故稱寶山。萬歷十年（1582）土山與寶山城為海潮所毀，僅留遺址。清康熙年間于舊址西北建寶山新城，即今老寶山城。
圣祖康熙十年（1671年），嘉定知縣趙昕賑災，四鄉(xiāng)分設粥廠。嘉慶十一年（1806年），知縣吳桓增設賑災粥廠至31處。隨后，以廠代鄉(xiāng)，作為管理地方行政事務的基層單位。
光緒三十四年（1908年），嘉定縣分為1區(qū)33廠。宣統(tǒng)元年（1909年），試行地方自治，廠又改稱鄉(xiāng)（吳行廠改名吳巷鄉(xiāng)）。
1949年5月13日，嘉定縣解放。1950年，全縣分為城廂、馬陸、南翔、黃渡、外岡、婁塘、徐行7個區(qū)74個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
吳淞江河道歷來彎曲，素有五匯四十二灣之稱。北宋寶元元年(1038年)開浚盤龍匯，嘉祐六年(1064)開浚白鶴匯，以及明代的裁灣取直，導致青浦縣楊林鄉(xiāng)、淞濱鄉(xiāng)部分土地處于吳淞江江北，而嘉定縣臨江鄉(xiāng)八都（今白鶴鎮(zhèn)北部）和十四都（今紀王、諸翟）反處于吳淞江南。
1949年10月，青浦縣淞濱、楊林兩鄉(xiāng)位于吳淞江北的土地劃屬嘉定縣。嘉定縣西勝鄉(xiāng)位于吳淞江南的土地劃屬青浦縣。
1958年10月，撤銷西郊區(qū)，江橋鎮(zhèn)西南劃入嘉定縣。
1950年8月，嘉定縣諸翟鎮(zhèn)劃給新涇區(qū)。當年秋，紀王鄉(xiāng)劃給了上海縣。
1992年，嘉定撤縣設區(qū)，同時將嘉定的長征、桃浦二鄉(xiāng)共25.07平方公里，劃歸上海市普陀區(qū)管轄。
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