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Science:發(fā)現(xiàn)RNA結合蛋白FMRP讓腫瘤逃避免疫系統(tǒng)的識別并對免疫療法產生抵抗性

免疫療法是一種治療癌癥的前沿方法,它使患者自身的免疫系統(tǒng)與他們的腫瘤對抗。我們對身體調節(jié)免疫反應的機制的了解越來越多,對我們的抗癌斗爭起到了變革作用。

但是,盡管成功率很高,免疫療法卻一次又一次地遇到了一個頑固的障礙:腫瘤細胞經常躲避試圖消滅它們的免疫細胞的“雷達”掃描。這會導致了治療抵抗性,在許多情況下,這在許多情況下,這將受益于對可以幫助規(guī)避它的機制的更深入理解。

在一項新的研究中,來自瑞士洛桑聯(lián)邦理工學院、伯爾尼大學和洛桑大學醫(yī)院等研究機構的研究人員發(fā)現(xiàn)了一種蛋白在幫助腫瘤逃避免疫破壞方面發(fā)揮著關鍵作用。這種被命名為“脆性X智力遲鈍蛋白(fragile X mental retardation protein, FMRP)”的RNA結合蛋白調控著腫瘤微環(huán)境中的一個基因和細胞網絡,有助于提高它“躲避”免疫細胞的能力。正常情況下,F(xiàn)MRP參與調節(jié)蛋白翻譯和神經元中mRNA的穩(wěn)定性。但是他們發(fā)現(xiàn),它在多種類型的癌癥中發(fā)生異常地上調。相關研究結果發(fā)表在2022年11月18日的Science期刊上,論文標題為“Aberrant hyperexpression of the RNA binding protein FMRP in tumors mediates immune evasion”。

但為什么是FMRP?這個想法來自之前表明自然過度表達FMRP的癌細胞具有浸潤性和轉移性的研究。然而,其他研究表明如果FMRP不能在發(fā)育中的神經元中表達,就會導致認知缺陷。

考慮到這些證據(jù),這些作者開始研究FMRP在人類腫瘤中的表達。他們隨后評估了它在小鼠癌癥模型中的腫瘤促進功能,最后研究了它與人類癌癥患者預后的關系。

這項新的研究涉及幾個數(shù)據(jù)收集步驟。首先,這些作者對來自人類腫瘤的組織進行了針對FMRP的免疫染色。大多數(shù)腫瘤檢測呈陽性,而相應的正常組織則沒有。這意味著FMRP在癌細胞中特異性地高度表達。然后,他們進入了他們研究的主要部分,即確定FMRP在這些腫瘤中的功能意義---它們表達了這種蛋白,但它有什么作用?

FMRP與免疫系統(tǒng)有關

為了探索這一點,這些作者開發(fā)出所謂的“基因敲除”癌細胞系?;蚯贸毎蛏锿ㄟ^基因改造失去---“敲除”---一個特定的基因,以便找到關于它的功能的線索。從本質上講,與仍然擁有該基因的細胞(稱為“野生型”)相比,基因敲除細胞發(fā)生的任何變化通常都可以追溯到這個失去的基因。

在這項新的研究中,這些作者使用了著名的CRISPR-Cas9基因編輯技術,敲除了由小鼠胰腺、結腸、乳腺和皮膚黑色素細胞引起的癌細胞中產生FMRP的基因(名為FMR1)。然后,他們將敲除FMRP的癌細胞與仍有FMR1基因并因此表達FMRP蛋白的癌細胞進行比較。

FMRP能使腫瘤逃避免疫系統(tǒng)的攻擊。圖片來自Science, 2022, doi:10.1126/science.abl7207。

他們評估了含有FMRP基因敲除癌細胞的小鼠和FMRP陽性野生型癌細胞的小鼠的存活率,首先在免疫系統(tǒng)受到損害的小鼠中進行。他們的比較結果顯示這兩組小鼠具有類似的存活率。值得注意的是,當他們將基因敲除腫瘤與免疫系統(tǒng)正常運作的小鼠體內生長的野生型腫瘤進行比較時,他們發(fā)現(xiàn)沒有FMRP的腫瘤生長速度較慢,而它們的存活時間更長。

這部分研究顯示的是,F(xiàn)MRP并不參與刺激腫瘤生長本身,而是與適應性免疫系統(tǒng)(我們用疫苗“訓練”的那部分免疫系統(tǒng))有關。

他們的觀察結果---野生型腫瘤很少有浸潤性T細胞,而FMRP基因敲除腫瘤則高度發(fā)炎---進一步證實了這一點。剔除FMRP基因敲除的腫瘤中的T細胞導致它們開始更快速地生長,并降低了小鼠的存活率,這意味著FMRP以某種方式參與了腫瘤對免疫系統(tǒng)的逃避。

含有FMRP的腫瘤如何抵御免疫細胞

這些作者繼續(xù)對FMRP基因敲除腫瘤和野生型腫瘤進行分子遺傳分析。這顯示了整個基因組的基因轉錄方面存在顯著差異,表明FMRP與多個基因相互作用。此外,F(xiàn)MRP基因敲除腫瘤和野生型腫瘤在癌細胞、巨噬細胞和T細胞豐度方面存在明顯差異,進一步提示著FMRP在調節(jié)免疫系統(tǒng)成分中的作用。

這項新研究的下一階段探究了與獨特的免疫反應---逃避還是攻擊---相關的特定因子的產生。這些作者發(fā)現(xiàn)表達FMRP的腫瘤(即野生型腫瘤)產生白細胞介素-33(IL-33),即一種誘導調節(jié)性T細胞---一種抑制免疫反應的特定T細胞亞群---產生的蛋白。

表達FMRP的腫瘤還產生蛋白S,即一種已知能促進腫瘤生長的糖蛋白。最后,表達FMRP的腫瘤產生外泌體---已證實能觸發(fā)一類通常有助于傷口愈合和組織修復的巨噬細胞產生的囊泡。總體來說,所有這三個因子都具有免疫抑制作用,有助于腫瘤免受T細胞的攻擊。

相反之下,F(xiàn)MRP基因敲除腫瘤細胞實際上降低了所有這三個因子(IL-33、蛋白S和外泌體),同時它們上調了一種不同的趨化因子,稱為“C-C基序趨化因子配體7(C-C motif chemokine ligand 7, CCL7)”,它有助于招募和激活T細胞。誘導免疫刺激性(而不是免疫抑制性)的巨噬細胞進一步幫助了這一過程。這些誘導免疫刺激性的巨噬細胞產生其他三種促炎性蛋白,這些蛋白與CCL7一起招募T細胞。

預測人類患者的免疫治療結果

在臨床上存在的一個問題是FMRP的水平是否能幫助確定接受免疫療法的癌癥患者的預后。然而與直覺相反的是,F(xiàn)MR1基因的mRNA和FMRP蛋白水平都不足以預測癌癥患者隊列的免疫治療結果。

為了解決這個問題,這些作者建立了這樣一個事實:在細胞中,F(xiàn)MRP通過直接結合mRNA,向上和向下調節(jié)它的穩(wěn)定性。這意味著FMRP可能會改變可以在轉錄組數(shù)據(jù)集中獲取的RNA水平,可以收集這些數(shù)據(jù)集來確定可以幫助跟蹤它的功能活性的“基因特征(gene signature)”。這種方法起了作用,使得他們能夠通過一個由156個基因組成的基因網絡追蹤FMRP的癌癥調節(jié)活性的基因特征。

事實證明,F(xiàn)MRP癌癥網絡活性基因特征對多種人類癌癥的不良生存率具有預后作用,這與FMRP的免疫抑制作用相一致,而且在一些患者中,它與免疫治療的不良反應有關。

這項新的研究表明,F(xiàn)MRP調控腫瘤微環(huán)境中的基因和細胞網絡,所有這些都有助于腫瘤逃避免疫破壞。

論文通訊作者、洛桑聯(lián)邦理工學院的Douglas Hanahan說,“幾十年來,我一直在研究實體瘤的復雜細胞組成,我個人對我們的發(fā)現(xiàn)---一種共同使用的神經元調節(jié)蛋白(即FMRP)可以協(xié)調形成一個多方面的保護屏障來阻止免疫系統(tǒng)對腫瘤的攻擊,限制免疫療法的益處,這就使FMRP成為一種新的癌癥治療靶標---感到吃驚?!保?a target="_blank" >生物谷 Bioon.com)

參考資料:

Qiqun Zeng et al. Aberrant hyperexpression of the RNA binding protein FMRP in tumors mediates immune evasion, Science, 2022, doi:10.1126/science.abl7207.


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