呂本中字居仁，元..年間宰相呂公著的曾孫、呂好問的兒子。年幼時聰明敏悟，呂公著十分喜愛他。呂公著去世時，宣仁太后和哲宗親臨祭奠，眾多孩童立于庭下，宣仁太后獨自讓呂本中進見，撫摸著他的頭說“：孝于親，忠于君，孩兒當以此自勉。”
祖父呂希哲從師于程頤，呂本中見聞都很熟悉。稍長，與楊時、游酢、尹火享交游，三人中或有疑異，呂本中未曾茍同。因呂公著遺表恩澤，被授予承務郎。紹圣年間，黨爭興起，呂公著被追貶官，呂本中也受到牽連。
元符年間，任濟陰主簿、秦州士曹掾，辟舉為大名府帥司干官。宣和六年(1124)，任樞密院編修官。靖康改元，遷任職方員外郎，因避父親嫌疑奉祠。父親去世，為之守喪，守喪完畢，召任祠部員外郎，因病請求離職。再直秘閣，主管崇道觀。
紹興六年(1136)，召赴朝廷，特賜他進士出身，擢任起居舍人兼權中書舍人。太監(jiān)李琮失掉料歷，高宗因為他是原王府舊人，不用保任特給他。呂本中說：“如果因異恩別給，不是所謂'宮中府中當為一體’?！备咦谝娒畋皇栈?，很高興，令宰臣對他說：“自今以后有什么意見，只管說?！?br>
階州草場監(jiān)官苗亙因貪贓敗露，詔令處以黥刑，呂本中上奏：“近來官吏犯法貪污，多被處以黥刑，但四方遙遠，其中不免冤枉，怎么能夠全部知道？以后覺察他是無辜，即使想平反，又怎么能做到呢？如果祖宗以來曾用此刑，那么紹圣權臣當政之時，士大夫死無遺類已經(jīng)很久了。希望斟酌用常刑處罰，不要讓奸臣以后世為藉口?！背⒙爮牧怂囊庖?。
紹興七年(1137)，高宗巡幸建康，呂本中上奏說：“當今的計策，必須先從事恢復故土的大業(yè)，求取人才，寬恤民隱，講明法度，詳審刑政，廣開直言之路，使人人得以盡情上達。然后訓練軍隊選拔將帥，增軍上游，固守淮甸，使江南先有不能動搖之勢，伺敵有隙，可一舉而克。如果只有恢復大業(yè)的志向，而沒有相應的對策，國家根本未強大，恐怕會產(chǎn)生其他禍患。現(xiàn)在江南、兩浙地區(qū)賦稅日益增加，鄉(xiāng)里疲敝，倘若遭到水旱之災，壞人起而發(fā)難，不知道朝廷怎樣對付？近來臣僚中勸說興師問罪討伐金朝的，不可勝數(shù)，看他的言辭固然十分理直氣壯，但考察實際卻難以實行。大概進言的人，同朝廷的利害絕不相等，言論沒有實現(xiàn)，事情沒有成功，便脫身離去。朝廷設施失當，誰能承擔責任？鷙鳥將要出擊時，必先隱藏形跡，現(xiàn)在朝廷對于進取沒有絲毫之實，所下詔命，已傳到敵境，使敵人得以事先準備，這不是辦法?！庇稚献唷埃航笮蝿蓦U要之地如九江、鄂渚、荊南各路，應當駐屯重兵，選派重臣。吳時說西陵、建平，是國家的藩籬門戶，希望精擇守將，以備緊急，那么江南自守之計就齊備了?！?br>
太監(jiān)鄭諶退休時特命復出，得到掌管軍隊的官職。呂本中說“：陛下進臨江滸，將有所作為，現(xiàn)在賢士大夫沒有得到重用，隱藏山林的能人沒有招至，反而用鄭諶為統(tǒng)兵官，這是為什么？”命令于是作罷。呂本中以疾病請求奉祠，直龍圖閣、知臺州，沒有到任，主管太平觀。召任太常少卿。
紹興八年(1138)二月，呂本中任中書舍人。三月，兼侍講。六月，兼權直學士院。金派使者前來講和，有關部門計議接待禮品，呂本中說：“使節(jié)前來，正當表示儉樸節(jié)約，客館供應如果務求充裕歡悅，正好引發(fā)敵人侵我之心。況且成敗大計，本不在此，關鍵在于我政治得失，兵財強弱，希望詔令有關部門讓供應不要缺乏就行了?！?br>
當初，呂本中同秦檜同做郎官，兩人相交甚歡。秦檜擔任丞相之后，私自引用官員，呂本中封還除目，秦檜指示他依照畫字認可，呂本中最終沒有聽從。趙鼎一向主張元..學說，認為呂本中為呂公著后代，又為范沖推薦，所以深相知許。恰逢《哲宗實錄》寫成，趙鼎任仆射，呂本中草擬制書，其中有句說：“合晉、楚之成，不如尊王而賤霸；解散牛、李之黨，不如明是而去非?！鼻貦u大怒，對高宗說：“呂本中接受趙鼎指使，看到和議不成，自為脫身之計?！敝甘褂肥捳駨椲懒T免他。提舉太平觀，去世。學者稱呼他為東萊先生，賜謚號“文清”。
著有詩二十卷，深得黃庭堅、陳師道筆法，《春秋解》十一卷、《童蒙訓》三卷、《師友淵源錄》五卷，流傳于世。
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