1368年朱元璋成功地“驅(qū)逐胡虜，恢復(fù)中華”，建立起了大明王朝。這是自唐代以后，中國主體疆域首次較完整地統(tǒng)一在主體民族所建立的政權(quán)之內(nèi)。其間四、五百年的時(shí)間，歷經(jīng)了五代、宋、元，新政權(quán)所面臨的內(nèi)外形勢(shì)早已不同，對(duì)于明代地方行政來說，很難簡(jiǎn)單地恢復(fù)過去的郡縣體制。
明初一段時(shí)間曾完全沿襲元代的行省制度。但元代粗線條的行省劃分，很容易導(dǎo)致地方統(tǒng)轄軍民過多，權(quán)力太大，不利于中央集權(quán)，很快中央朝廷就對(duì)此作出了調(diào)整。
1376年（洪武九年）改元代行省為承宣布政使司，統(tǒng)轄天下各府州縣，主管一省的民政，上與中央六部直接對(duì)接；1370年（洪武三年）時(shí)于各省曾設(shè)置都衛(wèi)，1375年改為都指揮使司，主管各省軍戶衛(wèi)所番漢諸軍，上聽命于兵部和五軍都督府；同時(shí)，又設(shè)置了提刑按察使司一職，主管各省的監(jiān)察和司法，上聽命于刑部和都察院。
承宣布政使司是明代（以及清代）地方最高民政機(jī)構(gòu)的正式官方名稱，但由于其名稱較長并且轄區(qū)和元代的行省區(qū)別不大，所以在大多數(shù)場(chǎng)合，仍然保留了元代“行省”的稱呼，簡(jiǎn)稱省。
明代將省級(jí)政區(qū)的權(quán)力一分為三，都（指揮使司）、布（政使司）和按（察使司）三司，分管軍事、民政和監(jiān)察，這顯然是借鑒了宋代地方政區(qū)一分為四的統(tǒng)治思路，其目的無非是抑制地方長官權(quán)力的膨脹，有利于權(quán)歸中央。
1380年（洪武十三年），朱元璋罷中書省，六部直屬皇帝，原屬中書省的轄區(qū)也直屬六部，稱為直隸。當(dāng)時(shí)所謂的直隸，是指南京應(yīng)天府（南京市）為中心的，包括今天江蘇、安徽兩省和上海市地區(qū)；永樂年間遷都順天府（北京市），直隸就改指包括今天北京市、天津市和河北省大部分地區(qū)。原來的直隸改稱南直隸。
到了宣德年間，全國的政區(qū)包括京師、南京和山西、山東、河南、陜西、四川、江西、湖廣（今湖南、湖北）、浙江、福建、廣東（含今海南省）、廣西、貴州、云南，合稱“兩京十三布政使司”。
至于軍政系統(tǒng)的都（指揮使）司，大多與省相同，但在一些邊疆地區(qū)，實(shí)際情況是軍戶多民戶少，甚至沒有民戶，一個(gè)都司鞭長莫及，所以分設(shè)幾個(gè)都司或行都司。明代一共有16都司、5行都司、2留守司。其中13個(gè)都司是與布政使司同名同治，還有三個(gè)是北直隸境內(nèi)的萬全都司（治今宣化）、大寧都司（初治內(nèi)蒙古寧城，后遷至保定）和屬于山東省的遼東都司（治今遼寧遼陽市）。
5個(gè)行都司分別是，陜西（治甘州衛(wèi)，今張掖市）、四川（治建昌衛(wèi)，今四川西昌市）、湖廣（治鄖陽衛(wèi)，今湖北鄖縣）、福建（治建寧府，今建甌市）、山西（治大同府，今大同市）。2留守司是洪武年間設(shè)置于鳳陽府的中都留守司和嘉靖年間設(shè)置于承天府（今湖北鐘祥市）的興都留守司。
都、布、按三司分立，三司同為封疆大吏，本意是避免地方權(quán)力過于集中，但在實(shí)際操作過程中，三權(quán)分立又導(dǎo)致了行政效率偏低，互相牽制互相推諉，這弊端到了多事之際的明代中晚期更顯突出。
于是，自宣德年間開始出現(xiàn)了中央六部或者都察院大臣，以“總督”“巡撫”的名義或臨時(shí)職銜前往地方，統(tǒng)籌地方三司。嘉靖以后，面對(duì)激增的內(nèi)憂外患，地方三司體制顯然無法有效應(yīng)對(duì)，全國開始普遍設(shè)置節(jié)制地方都、布、按三司的總督和巡撫。地方體制開始向總督巡撫制轉(zhuǎn)變，當(dāng)然這一過程一直延續(xù)到清代才最終穩(wěn)定。
另外，明代還有一類邊疆地區(qū)設(shè)置的都司，如著名的奴爾干都司（統(tǒng)轄黑龍江、松花江流域和庫頁島）、烏斯藏、朵甘二都司（統(tǒng)轄青藏地區(qū)），這些都司屬于羈糜性質(zhì)，與內(nèi)陸都司的設(shè)置和運(yùn)作存在很大差異。
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