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        保護(hù)區(qū)屬于水域內(nèi)陸濕地生態(tài)系統(tǒng)類型，保護(hù)對(duì)象是區(qū)內(nèi)的森林、沼澤、草甸和水域生態(tài)系統(tǒng)，以及珍稀野生動(dòng)、植物。是東北最大的森林濕地自然保護(hù)區(qū)。保存了完整的原始森林濕地生態(tài)系統(tǒng)，有原始森林、沼澤、草甸、湖泊、溪流、河川、冰雪等景觀。

南甕河自然保護(hù)區(qū)位是以森林濕地及其生物多樣性和嫩江源頭為保護(hù)對(duì)象的保護(hù)區(qū)，保護(hù)區(qū)內(nèi)幾乎容納了大興安嶺寒溫帶針葉林區(qū)所有的森林植物、野生動(dòng)物、森林昆蟲、大型真菌。保護(hù)區(qū)內(nèi)具有豐富的生態(tài)系統(tǒng)多樣性，其中有森林生態(tài)系統(tǒng)、草甸生態(tài)系統(tǒng)、沼澤生態(tài)系統(tǒng)、水生生態(tài)系統(tǒng)。保護(hù)重點(diǎn)是區(qū)內(nèi)森林、沼澤、草甸和水域及野生動(dòng)植物。

南甕河自然保護(hù)區(qū)內(nèi)植物資源豐富，有植物約1000余種，其中藥用植物400余種。已發(fā)現(xiàn)植物資源61科42種，被列為國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)植物有樟子松、鉆天柳、黃波蘿、草蓯蓉、黃芪、五味子，珍稀蘭科植物有紫點(diǎn)芍蘭、大花芍蘭、小斑葉蘭、手參、鳥巢蘭、綬草。

保護(hù)區(qū)內(nèi)分布的野生動(dòng)物種類占大興安嶺野生動(dòng)物種類90%以上，共有脊椎動(dòng)物5綱74科309種，其中鳥類216種，國(guó)家一級(jí)保護(hù)鳥類7種，如白鸛、黑鸛、丹頂鶴、白鶴、白頭鶴、黑嘴松雞、金雕;國(guó)家二級(jí)保護(hù)鳥類40種。獸類49種，其中列為國(guó)家保護(hù)動(dòng)物9種，如紫貂、猞猁、水獺、棕熊、貂熊、馬鹿、駝鹿、原麝和雪兔。